清水祖師（以下簡稱祖師），在宋仁宗二十二年（公元一○四四年）誕生於永春縣小岵鄉，姓陳名普足，生有道骨，幼出家於大云院，及長結庵於高太山、仰大靜山明公禪師，法慧道行，高超圓滿，往拜為師，講求大少乘妙諦，道即通靈。辞歸高太山，師授衣缽，戒之日：「非值嚴重大事、毋著此衣」：並囑：「其後舍藥萬緣、一心利物濟人為志」：祖師遵而實踐，廣行 嗣移高太山麻草庵，祖師精通醫術，屢募捐修造路橋，施醫藥符水以治人病、及貢獻交通，遇旱疫為人祈祷，輒著奇效，宋神宗元豐六年（公元一○八二年）癸亥，清溪大旱，鄉人公議，延祖師祈雨。立獲甘霖旱象銷，廣濟群農，眾感祖師道行，能感動天地，敦留祖師駐錫。經祖師愿意，由眾集資，於張巖山之側，開辟草蓬、構庵數架以居，因石泉清冽，爰改名「清水巖」。是年祖師三十九歳。迺錄楊道，周明為弟子、主持巖事，遂云旅游長汀，漳州、閩南七縣，歸後感梵宇狹隘、為之改建，時枣樹祗有一株，旋經多栽樹木，並建洋中亭，更修造路橋，而在亭中施濟醫藥。迨宋建中、靖國九年五月十三日（公元一一○九年）祖師年六十五歳、乘劉公銳至巖，祖師囑以後事：渭：「形骸外物，漆身無益」：說偈旋，端然坐逝。遠近聞知，云集瞻禮，越三日神色不異，鄉人葬師於巖後，運石 塔，筑亭其上，名為「真空塔」。遺囑立大弟子楊道為主持。祖師勤修梵行，到處為人治病，沿門托缽募捐所得、用以施舍貧穷，拯恤孤寡、曾為宋寶皇太后治乳癌，痊後贈以金帛、婉辞僅指一大沉香木請贈，即後來所雕之祖師之正身是也。
清水祖師俗稱“祖師公”、“烏面祖師”等，原是宋代的一名僧人，圓寂後逐漸演變成為閩南地區有影響的佛教俗神，至今仍在福建、台灣及東南亞一些地區擁有數以百計的分爐和眾多的信仰者。
清水祖師在歷史上確有其人，現存最早的有關清水祖師生平的文獻資料是宋政和三年（一一一三）十二月邑令陳浩然撰寫的《清水祖師本傳》，資料來源是由劉公銳口述、邑紳薛繕。《本傳》包括兩部分的內容，前半部分記載清水祖師的生平，後半部分記載清水祖師圓寂後被奉為神靈的情況，茲將前半部分的內容轉錄如下：
祖師生於永春縣小姑鄉，陳其姓，普足其名也。幼出家於大雲院，長結庵於高泰山，志甘槁薄，外厭繁華。聞大靜山明禪師具圓滿覺，遂往事之。道成業就，拜辭而還。師曰：“爾營以種種方便，澹足一切。”因授以法衣而囑之。曰：“非值精嚴事，不可以有此。”祖師還庵，用其師之言，乃勸造橋樑數十，以度往來。後移庵住麻章，為眾請雨，如期皆應。元豐六年，清溪大旱，便村劉氏相與謀曰：“麻章上人，道行精嚴，能感動天地。”比請而至，雨即沾足，眾情胥悅，鹹有築室請留之願，乃於張岩山闢除菑翳，剪拂頑石，成屋數架，名之曰清水岩，延師居焉。以其年，造成通泉橋、穀口橋，又十年，造成汰口橋，砌洋中亭，糜費巨萬，皆取於施者。汀、漳時人有災難，皆往禱焉，至則獲應。祖師始至，岩屋草創，凡三經營，乃稍完潔。岩東惟棗樹一株，祖師乃多植竹木，迨今成蔭。其徒弟楊道、周明，於岩隈累石為二窣堵，臨崖距壑，非人力可措手，蓋有陰相之者。劉氏有公銳者，久不茹葷，堅持梵行，祖師與之相悅。一日公銳至，輒囑以後事，仍言“形骸外物，漆身無益。”說偈訖，端然坐逝，享年六十五歲，建中靖國元年五月十三日也。
永春縣小姑鄉為今福建永春縣岵山鎮鋪上村，據當地珍藏的《桃源南山陳氏族譜》記載，清水祖師俗姓陳，名榮祖，《清水祖師本傳》中名“普足”實際上是法名，非俗名。
清水祖師，又稱「麻章上人」。閩南、台灣地區民間都尊稱為「祖師公」。由其面色可分為：「金面祖師」、「紅面祖師」、「烏面祖師」。民間又稱「落鼻祖師」，據說每逢天災人禍變故時，他的鼻子會掉落，暗示災禍的前兆，故得此名。清水祖師原是宋代的一名僧人，圓寂後逐漸演變成為閩南地區有影響的佛教俗神，至今仍在福建、台灣及東南亞一些地區擁有數千計的分爐和眾多的信仰者。在民間，清水祖師的俗名還有“陳應”、“陳昭”等。民間傳說，清水祖師有七個分身，分別稱為蓬萊祖師、落鼻祖師、昭應祖師、輝應祖師、顯應祖師、普庵祖師、三代祖師等，其中顯應祖師、普庵祖師、三代祖師可能是其他佛教俗神的尊稱，與清水祖師相混淆。如三代祖師姓林名珌，號自超，相傳為毗舍盧佛現身，坐化於德化縣美湖鄉。顯應祖師原名黃惠勝；普庵祖師俗姓餘，名丘肅，號普庵，宋代江西省宜春人，事跡與清水祖師相似。
《清水祖師本傳》記載：清水祖師圓寂於建中靖國元年（一一○一年），享年六十五歲。在清水祖師的圓寂年之後有一行後人加上去的注釋：“祖師公生於宋仁宗二十二年正月初六日，即慶歷七年是也。”慶歷七年即一○四七年。宋代長泰余克濟也說：今考行狀，以慶歷七年生，其遷化乃建中靖國元志年也。《安溪清水岩》：北宋仁宗慶歷七年丁亥正月大師降世。《安溪縣志》卷九「普足禪師」記載，清水祖師在建中靖國元年圓寂時，享年五十七歲。《清水岩志志略》：清水祖師生於仁宗二十二年，即慶歷五年（一○四五年）乙酉正月初六，涅槃於建中靖國元年辛巳五月十三日，年五十有七。
史書記載清水祖師從不懂事的幼年就削髮為僧。清水祖師生活於一○四七～一一○一年間，當時宋代是福建佛教鼎盛時期，福建寺院之多，僧尼人數之眾，均居全國首位，時人有“閩中塔廟之盛，甲於天下”和“山路逢人半是僧”的描述。
清水祖師確有其人，宋朝政和三年（一一一三年）十二月邑令陳浩然撰寫的《清水祖師本傳》：「祖師生於永春縣小姑鄉，陳其姓，普足其名也。幼出家於大雲院，長結庵於高泰山，志甘槁薄，外厭繁華。聞大靜山明禪師具圓滿覺，遂往事之。道成業就，拜辭而還。師曰：“爾營以種種方便，澹足一切。”因授以法衣而囑之。曰：“非值精嚴事，不可以有此。”祖師還庵，尊其師傅之言，乃勸造橋樑數十，以度往來。後移庵住麻章，為眾請雨，如期皆應。元豐六年，清溪一帶大旱，其村劉氏相與謀曰：“麻章上人，道行精嚴，能感動天地。”比請而至，雨即沾足，眾情胥悅，咸有築室請留之願，乃於張岩山闢除菑翳，剪拂頑石，成屋數架，名之曰清水岩，延師居焉。以其年，造成通泉橋、谷口橋，又十年，造成汰口橋，砌洋中亭，糜費巨萬，皆取於施者。汀、漳時人有災難，皆往禱焉，至則獲應。祖師始至，岩屋草創，凡三經營，乃稍完潔。岩東惟棗樹一株，祖師乃多植竹木，迨今成蔭。其徒弟楊道、周明，於岩隈累石為二窣堵，臨崖距壑，非人力可措手，蓋有陰相之者。
劉氏有公銳者，久不茹葷，堅持梵行，祖師與之相悅。一日公銳至，輒囑以後事，仍言“形骸外物，漆身無益。”說偈訖，端然坐逝，享年六十五歲，建中靖國元年五月十三日也。」
多數文獻記載清水祖師於元豐六年（一○三八年）擔任清水岩主持，時年三十九歲，十九年後圓寂。宋代長泰余克濟記載：元豐六年，清水祖師應當地百姓邀請，結庵於清水岩，自是誅茅鋤草，岩棲穴處，十有九年。明何喬遠《閩書》：普足術行建、劍、汀、漳間，檀施為盛，居岩十九年。道光重纂《福建通志》：普足名重建、劍、汀、漳間，檀施為盛，居岩十九年。
劉公銳，安溪蓬萊人，“素悅禪理，不茹葷能持戒行”。他對清水祖師特別崇拜，元豐六年（一○八三年）延請清水祖師到安溪蓬萊祈雨就是由他“倡謀於眾議”。祈雨獲應後，懇切請求清水祖師“移宅蓬萊山”也是由他首先提出來的。清水祖師弘法蓬萊清水岩時，劉公銳經常去清水岩“親聆講經”，與清水祖師“情益契合”，關係極為密切。他還捐獻“山林田地，充作寺業”，對清水岩的發展作出貢獻，故被“立為檀樾主，祀於岩左東軒。凡春日抬大師像下山迎香，必以公銳像配迎駕前，蓋所以報其功也。”由於劉公銳與清水祖師的特殊關係，對清水祖師的生平最為熟悉，難免一些有溢美之詞，但《清水祖師本傳》應該說基本上是可信。
《清水祖師本傳》載，“祖師生於永春縣小姑鄉，陳其姓，普足其名也。”永春縣小姑鄉為今福建省永春縣岵山鎮鋪上村，據當地珍藏的《桃源南山陳氏族譜》記載，清水祖師俗姓陳，名榮祖，《清水祖師本傳》中所謂名“普足”實際上是法名，非俗名。
光緒間楊浚編寫的《四神志》中的《清水岩志略》則記載：“神姓陳，名普足，永春縣小姑鄉人，為宋理學名儒溫陵陳知柔字體仁，號休齋之裔，父某，母洪氏。”陳知柔是宋代福建著名學者，《福建通志》、《泉州府志》、《永春州志》等均有其傳記，他本人是進士，七個兒子也都是進士，故有“一門八俊”之美稱。查《桃源南山陳氏族譜》，清水祖師這一支也是世代書香，太祖父陳瑊、曾祖父陳彥聖、大伯父陳樸、二伯父陳模、四叔陳權、弟弟陳夢得均是進士出身。其父陳機，“學問該貫，尤長於詩，寫詩泳物，信筆立成。”《桃源南山陳氏族譜》記載：（清水祖師）兒時持齋誦經，日常與山下里人牧牛子戲，日暮吟經，牛自知歸，後化清水祖師佛。
相傳清水祖師俗姓陳，名應（一說為陳昭或陳昭應），字善足，北宋仁宗慶曆四年正月初六誕生於福建省泉州府永春縣小姑鄉，卒于建中靖國元年五月十三日，享年六十五歲。陳應自幼在大雲院出家，因不堪寺院的虐待，於是到高太山結茅築庵，閉關靜坐，後經大靜山明松禪師指點，參讀佛典三年，終於悟道。明松禪師授他衣缽，並告誡他：「我佛最大功德，就是行仁，是故要捨棄萬緣，以利物濟世為職責」，陳應就在麻章施醫濟藥，普救貧病，麻章人士尊他為「麻章上人」。
拜別師父後還庵，勤儉克己，施醫濟藥。宋神宗元豐六年，福建省安溪、永春一帶大旱，鄉人請他去祈雨，立刻甘霖普降，清溪人士感念他的恩德，就在蓬萊山上築一精舍，延請麻章上人居住，並稱此為「清水嚴」，後人尊稱為「清水祖師」。麻章上人在此修行十九年，獨力募化，修橋鋪路，以利交通，人人稱便，漳州、汀州一帶的人都十分崇信他，凡遇災難時，就去求他消災解禍。宋徽宗靖國九年，五月十三日在說教中端坐而逝，享年六十五歲。地方人士感念其德澤，建寺奉祀，并奉報朝廷，敕賜「昭應大師」封號。
關於清水祖師主要功績。從《清水祖師本傳》記載來看，清水祖師在佛學理論上並無太多的創樹，其主要功績是熱心於慈善事業，他在永春時，“勸造橋樑數十，以度往來”。在安溪時，又募化勸造通泉橋、谷口橋、汰口橋等。清水祖師一生勸造數十座橋樑，既實踐了佛教的“濟人利物”“廣種福田”的教義，而對百姓而言，修橋鋪路是功德無量的善舉，符合了“凡有功德於民則祀之”的原則，所以得到百姓的敬仰甚至崇拜也是很自然的事。清水祖師在世時，以祈雨經常“獲應”而聞名，在百姓看來，祈雨獲應是因為“道行精嚴，能感動天地。”所以百姓賦予清水祖師以神奇甚至神秘色彩，清水祖師去世後，演化成佛教俗神為百姓所崇拜，在某種意義上可以說演化為民間信仰。
另外根據三峽祖師廟說明，清水祖師是北宋京都開封府祥符縣人（今河南開封），曾追隨宋丞相文天祥義舉勤王，英勇抵抗元兵，轉戰大江南北，是抗元扶宋的民族英雄。清水祖師生前隱居於福建清水巖，死後明太祖追念他功在國家，敕封為「護國公」，昭命於福建省安溪縣清水巖建立祠堂崇祀，因此福建永春安溪人稱他為「祖師公」，其廟宇稱為「祖師廟」。但清水祖師生活於一○四七～一一○一年間，這時北宋與遼、夏對峙，而金是在一一一五年才立國，一一二○年宋朝還聯合金夾攻遼，一一二五年遼滅亡後，金才開始攻打宋，這時元朝並未入侵中原，但清水祖師已圓寂幾十個年頭了，不太可能“參加到抗元鬥爭中。”
安溪一帶的居民，都奉清水祖師為主神，保護地方的安寧，清代安溪人士遷移往台灣，也各奉祖師的香火來台灣，代為塑像建廟，作為共同信仰及連絡鄉誼的地方。台灣有安溪人的地方，就有清水祖師的分身，當然也就有建造祖師廟。每年逢清水祖師爺誕辰，都要舉行三獻禮及誦經祝壽等儀式。
祖師廟的祭典分別由地方俗稱的「七股」（即七種姓氏）劉、林、陳、李、王、大雜姓及中庄雜姓等輪值酬神。輪到主祀的一股，必需飼養大豬公（神豬），參加競賽，有的豬公甚至重達一千餘斤。據說，吃到祭神豬公的人會發達且有好福氣，因此每到這一天，許多民眾就開始爭購大豬公肉。
相傳祖師初到清水巖時，有畬鬼（畬為蠻族之稱，為古時散居在浙、閩境內的一部份猺民）也穴居在內，於是相約鬥法，誰勝了就是清水巖的主人。祖師居穴中不出，任由畬鬼在外火薰七晝夜，祖師出來後除了滿面烏黑外，毫髮未傷，畬鬼終於被祖師收服，成為祖師屬下的張、黃、蘇、李四大將軍。
另有傳說，清水祖師自幼父母早逝，需依賴兄長生活，因嫂嫂坐月子無法下廚，令其代理炊事，誰知他竟把兩隻腳放在灶內當作柴燒，過了一會兒，整個人都不見了，化成了一道黑煙，從煙囪裏遁飛到天上去做神了。所以後來供奉他的人，才把他的塑像面部塗成一片漆黑。
據傳祖師塑像的鼻子和下巴曾被山寇打斷過，後來每次出現天災人禍時，清水祖師的鼻子就會自行掉落，以示警告，所以清水祖師的塑像幾乎都有一個可以活動的鼻子和下巴，故又稱為落鼻祖師。有一次清水祖師繞境，經過某家門前，鼻子突然掉落，當夜該戶人家發生火災，大家傳為祖師顯靈。參拜祖師的人，如果身體不潔或心里不虔誠，祖師生氣，鼻子就掉落。另一說，祖師被山賊挖掉鼻子，雖經和尚修愎，自此以后，每有異故，鼻子自行掉落，但是所掉落的地方，必定在袍袖里。
據《清水嚴志》記載：清水祖師俗名陳普足，原籍永春小岵鄉文溪人，生於宋慶歷七年（一○四七），在家鄉出家，精通佛理素孚眾望，人稱麻章上人。元豐六年（一○八三）來到蓬萊駐錫張岩，續修寺宇，遂改張岩為清水岩。他常云游閩南各地，為人施醫濟藥，祈福除疾。建中靖國元年（一一○一）五月十三日，上人於寺內端然坐逝，葬于岩后，為其藏骨塔定名為「真寶塔」。后地方官紳奏請封為「臨應大師」，嘉定三年（一二一○），又加封為「臨應廣惠慈濟善利大師」，世稱「清水祖師」。
南宋時期，清水祖師的神階大大提高，其標誌是他先後四次得到朝廷的敕封，敕封清水祖師牒文均完整地保存在《清水岩志略》、《安溪清水岩志》等志書中，牒文詳細地記載了請封和敕封的經過。
第一次請封是在紹興年間，由安溪姚添等人上文朝廷請封，理由是清水祖師生前剃髮為僧，苦行修煉，死後“本州亢旱，禱祈感應”。到了紹興二十六年（一一五六年）三月，禮部批示福建路轉運司，派人到實地調查。龍溪縣主簿方品奉命到清水岩視察，認為“委有靈跡，功及於民，保明指實”。旋又委派轉運司財計官趙不紊前去核實，結論與方品相同。禮部再與太常寺勘會後，認為符合有關敕封條文，隆興二年（一一六四年），下牒敕封清水祖師為“昭應大師”。
第二次請封在淳熙初年（一一七四年）前後，由安溪縣迪功郎政事仕林時彥等聯名上文請求增加封號，並賜塔額。理由是清水祖師“祈禱感應，有功於民”。禮部下文泉州府派人核實。最初派遣永春縣主薄迪功郎黃慣前去詢究，黃慣通過實地調查，證實清水祖師“祈禱雨晹，無不感應，委有靈跡，功及於民”。不久，又按條例，“委派鄰州興化軍，差官前去地頭體究。”莆田縣丞姚僅等奉命前去安溪清水岩一帶調查，再次證實清水祖師“遷化之後，英靈如在，凡人有疾病，時有雨晹，及盜賊之憂，隨禱隨應。”後來，又下文要求漳州府差官再次前去核實。漳浦主簿周鼎以奉命到安溪清水岩視察，當地百姓列舉一系列靈異證明清水祖師確實“委有靈跡，惠利及民”。經過這樣反反復復的調查核實，直到淳熙十一年（一一八四年），禮部與太常寺才同意增加封號，下牒敕封，封號為“昭應慈濟大師”。但賜塔額的請求，由於無有關條文可依，未能滿足要求。
第三次請封是在慶元六年（一二○○年），理由是“近日雨澤稍愆，……靈應顯跡有功，乞加封。”嘉泰元年（一二○一年）牒下，加封為“昭應廣惠慈濟大師”。同時被敕封的還有福州南台武濟廟的英護武烈鎮閩王，左協威廣惠靈惠侯，右翊忠嘉澤顯應侯。這次封賜，手續比較簡單，從請封到敕封僅用一年時間，比歷次封賜所花時間都短。
第四次請封是在嘉定元年（一二○八年），理由主要是開禧三年泉州大旱，在求助其他神佛祈雨不應的情況下，嘉定元年抬出清水祖師，“為民祈雨，隨即沾足”。禮部先委派仙游縣主簿韓淤前去體究，爾後又派長泰縣尉何葆復實，均以確實“祈禱靈驗，惠利及民”上報。嘉定三年（一二一○年）牒下，再加封為“昭應廣惠慈濟善利大師”。
清水嚴，位於福建省安溪市蓬萊鎮，峻峭嶙峋，奇嚴怪石，如石筍、石船、石鼓、石磐、似羊似虎，無不形肖神似。在嚴叢石壁深處，有許多直穿山腹的石洞。其中「獅喉」洞，窈然深邃，傳說可直通泉州灣。嚴上一泓清水飛瀉而下，宛如珍珠巨帘垂挂空中，這就是有名的清水帘。供奉清水祖師的古剎清水嚴廟，依山而建於清水嚴懸崖峭壁間，亭台樓閣，飛檐翹角，結構縝密，廟頂用琉璃瓦砌成，雙龍拱日，殿前壁上有金魚戲水、飛鳥翱翔等浮刻石雕。殿堂彩繪斗拱，青石龍柱，雕工細膩，條紋流暢，活龍活現，整座殿宇造型氣勢磅礡，堪稱宋代遺留的建筑藝術珍品，歷史悠遠，構造奇偉，而聞名於海內外，清水嚴也緣此得名。嚴窟外有一棵古樟，干粗六、七人拉手合抱仍不能成圍。樹冠樹枝全部向北伸長，更為奇特，故名「枝枝朝北樹」。還有一棵羅漢松，高僅三丈，干粗不到一圍，傳說「三年長一寸，雷打矮三分」，據史籍記載，這兩棵古樹，已有八百多年歷史。
清水岩廟宇草創於北宋元豐六年（一○八三年），當時只有草庵數間，十分簡陋。宋元佑七年（一○九三年）清水祖師主持改建岩宇，略有改觀。清水祖師去世後，寶慶三年（一二二七年）僧惠清募捐改建岩樓，費金錢千緡。紹定六年（一二三三年）又改建大藏樓，費金錢千緡。景定三年（一二六二年）改建複閣，費金錢二千緡。經過僧惠清的三次改建擴建，使清水岩寺廟初具規模。到（一二七七年）南宋景炎二年，因兵亂，岩宇遭焚，成為一片廢墟，連清水祖師神像也只好安放在露天之下。翌年，僧一杲住持清水岩，竭力募捐，歷時廿年，重建清水岩殿閣及香積茶寮等。元至元廿七年（一二九○年）前後，僧一杲去世，其弟子崇遠繼承師志，續修寺宇，大小山門、門樓、官廨、倉宇、浴室、後架、郵亭，未蓋者蓋之；雕飾像相，漆繪灰土，未完者完之。內外更張，開宗明目，有所利益，畢力成之。此次重建，前後延續四十年之久，至元代延佑四年（一三一七年）才告成。重建後的清水岩宇的規模大大超過宋代，相傳清水岩宇的“帝”字形結構，九十九間的規模，至此時才確立下來。至今仍豎立在清水岩“枝枝朝北樹”東側的岩圖碑，記錄了當時清水岩的建築規模和布局。岩圖碑由二方花崗岩合併而成，高二•七五米，寬○‧九七米，厚○‧一五米，上半部浮雕清水岩“帝”字形建築布局圖，下半部雕刻建築物的具體度數，有些文字經過幾百年的風化，難以辨認，但圖案和大部分文字仍清晰可辯。據《清水岩志》載，岩圖碑的原文為：
元末兵燹，至明初僅存佛殿一座，破屋三間。嘉靖四十三年僧正隆住持清水岩後，就四出募捐，致力於修整拓建，歷二十二載才大功告成，“殿宇輝煌，超過舊觀矣。”萬歷二十七年（一五九九年），邑令廖同春捐資倡建覺亭、開覺路。順治二年（一六四五年），縣令周宗璧倡建清水法門，重塑四尊護法神像。邑紳李日熀、李夢植重修東西樓。康熙、雍正年間，僧頂覺、玄覺、惺因、惺源、法遠、彌超、彌在、徹明、雪冠等均在不同程度上“重整岩宇”。乾隆二十六年（一七六一年）僧滿林、澤峰又進行修整殿宇。道光十五年（一八三五年）里人陳希實、柯大梁、劉漂芳等捐陰二千餘元，較大規模地重修岩宇。嘉慶十七年（一八一二年）許玉成、凌翰、林大鴻、劉清振、陳仲高等往廈門募得修建清水岩款三千餘元，存縣備用，被縣令楊思敬因事虧空，捐款盡沒。光緒二十五年（一八九九年），“凡大殿、釋迦樓、東西樓、昊天口、觀音樓等，一律重新。”光緒二十六年修岩路。光緒二十九年又花銀一千餘兩改建大殿的石龍柱、岩面石窗堵、岩庭的石獅等。宣統元年（一九○九年），僧智慧“廣募捐資，倡修岩宇。”
民國十五年（一九二六年），修建覺亭、半岭亭、海會院等。民國廿二年至廿四年，部分殿宇被毀。民國三十年僧禮缽開始募修岩宇，民國三十三年翻建觀音閣和檀樾廳、半岭亭等，民國三十五年旅居新加坡華僑柯賢樹等捐款修建大殿、釋迦樓等。
一九五三年，覺亭被風刮倒。一九五五年重修大殿佛龕、三忠廟、清水法門、護界宮等。一九六一年被定為首批縣級文物保護單位。“文化大革命”期間，清水岩遭到嚴重破壞。一九七五年僑胞李月等捐款修建岩宇，此後大陸善男信女、台胞、僑胞紛紛慷慨解囊，齊心協力對清水岩進行全面、徹底地整修，至今煥然一新，規模超過歷史上任何時期，交通也更加便捷，已成為福建重要的旅游區，每年有上百萬人前去觀光禮拜。
明末清初，清水祖師信仰隨安溪移民傳入台灣，據《台灣省通志》記載，台灣最早的清水祖師廟建於南明永歷年間（一六四七～一六六一年），共有二座，一座是台南市楠梓區的清福寺，另一座是彰化縣二林鎮的祖師廟。從雍正七年（一七二九年）至民國三十八年（一九四九年）台灣島內又先後建造了七十多座清水祖師廟，成為台灣最有影響的神靈之一。現在台灣有清水祖師廟一百多座。近年來，台灣香客來安溪清水岩進香的絡繹不絕。他們都慷慨解囊，為清水祖廟重放異彩作出貢獻。
三峽清水祖師廟始建於清乾隆年間，第一次重修於清道光十三年（一八三三），第二次重修於光緒廿五年（一八九九），第三次重修於一九四八年，重建規模最為龐大，其建築雕刻之美聞名遐邇，故有東方藝術殿堂之稱。
明末，清水祖師信仰隨永春安溪移民傳播到東南亞的馬來西亞、緬甸、新加坡、印度尼西亞、菲律賓、泰國、越南等國家。最早建造於萬歷二年（一五七四年）的清水祖師廟是馬來西亞的祖師公廟（後該名靈慈宮）。最有特色的是檳城的清水廟（俗稱蛇廟），廟內各個角落盤繞小蛇，從不咬人。很多東南亞僑胞回大陸尋根謁祖或旅遊時，都會來到清水岩進香，熱心捐資修建清水祖廟。
清水祖師自幼出家，是為佛教神祇，故祭拜時不供葷食、不獻酒、不燒紙。
素餅、麵製素桃、紙麵線、發粿、果品、菜碗、紅色湯圓三碗、清茶三杯。
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